太平军进入南京之后的四、五ri，也就是军事行动刚刚结束，天王洪秀全、东王杨秀清等领导人尚未入城之时，就开始了组织“男女分馆”的工作，“令□城男女分别住馆，不准私藏在家。”这件工作做得雷厉风行，往往是当场令全家大小，略带一点随身衣物，不得有须臾迟延，立即各归各馆，“于是父母兄弟妻子立刻离散，家业顿抛”，“虽夫妇母子不容相通。”分馆有几种。有专门技术的，编入专业馆，如男子会机织的可入机匠馆，能作瓦木工的可入瓦木营，妇女会刺绣的分入绣锦营；男子十六岁以下和六十岁以上或有残疾的，编入牌尾馆或老民馆，但“女馆则老幼同居，固无所谓牌尾馆”。其余则男归男馆或曰新兄弟馆，女归女馆或曰新姊妹馆。
当时有一些群众，心怀疑惧，或者东躲xi zang，拒不入馆；或者联络一些亲友，男女分别聚居在一起，组织所谓“私馆”。如胡思燮在《患难一家言》中，就记他为了对付太平天国的男女分馆政策，在躲藏了一阵之后，由于太平军对“隐于僻巷未入馆者”查究甚严，觉得实在躲不过去了，“揣其势，非入女馆不可。乃与母兄商，暂于金沙井觅空屋，可容数十人者居之，自设两馆，以女奴为牌头应差役，余兄仍居宅旁，供给一切。”(《太平天国史料丛编简辑》，第二册，338页。)但这也不行。太平军对“私馆”也严加查察。《可园备忘录》就讲到，在进行男女分馆大约个把月之后，即“闻贼有查私馆之说，私馆者，女馆之未入贼籍者也。众大惧，然亦无如何。”后来果然被太平军将一些妇女从私馆中一一逐出，强制编入正式的女馆。(《太平天国史料丛编简辑》，第二册，370页。)这些材料说明，太平天国确实是极为认真地实行了这一政策，丝毫也不肯马虎。
女馆的情况，一般的是“以二十五人为一房”，但因人数甚多，所以实际上常常超过，也有以五十人、六七十人、甚至一二百人为一馆的。每一女馆，以参加革命较早的广西湖南的太平军女战士为统领。“或十余馆，或数馆，有一贼妇督之，谓之女伪百长，即伪卒长。其上又有女伪军帅、女伪监军、女伪总制等贼婆。”(《金陵杂记》，见中国近代史资料丛刊，第四册，622页。)女馆妇女，每ri发给粮米，过着统一的供给制生活。同时，则要从事削竹签、挑砖、负米、挖壕、刈麦、割稻、担水等种种战事勤务或ri常生活的劳动。男子进入女馆是严格禁止的，即使太平军的高级将领亦不例外，“虽起义重臣，无敢乱群肆虐者。”但亲属前往女馆门前省视，还是允许的，故《金陵省难纪略》说女馆“不准男子入探，母子夫妻止于馆外遥相语”，而《金陵杂记》则云“女眷在馆，其家有男丁在城内者，尚可暗中照应，私送米菜。”(中国近代史资料丛刊，《太平天国》，第四册，695，623页。)隐伏在天京的清军jian细张继庚在《致祁公子书》里，曾详细地叙述他每隔数ri，即到女馆去向清朝江宁布政使祁宿藻的妻子及自己的家属“定省慰劝”及送“柴米衣物”等情形。可见，有的记载说女馆“锁闭严禁，不许人窃探”，“亦不许相见讲话”，未免是言过其实了。
女馆的驻地，一般选民间房屋较宽大者居之。因为男女集中居住，所以便空出一部分房屋来，这些空屋便加以锁闭，不许人随便入内，所谓“其女馆所在皆有民居，非设伪馆者皆扃之。”(《患难一家言》，见《太平天国史料丛编简辑》，第二册，338页。31页。)但这些女馆，却经常迁移。据《粤逆纪略》说，“伪馆或六七ri一搬，或五六ri一搬，甚有间ri一搬者”，而女馆之“迁移无定，殆有甚于男馆者。”们看当时曾有家属在女馆中生活的人的叙述，果然有在一、二个月之内搬徒达五、六处的。
由于天京城内的妇女，一度全部集中到女馆，所以女馆的数量，着实不少。《金陵杂记》有这样一段记载：
“女馆住处甚多，城北由莲花桥洪武街一带，以至花牌楼门楼桥等处，城南在南门大街以至内桥，城东在石桥新廊、武定桥、石坝街、军师巷、东牌楼、状元境、奇望街、承恩寺、王府园口，城西三山街坊口以至陡门桥、糯米巷、安品街东并前后街一带，直至朝天宫后，易家桥左右街巷，又自珠宝廊至虹桥、卢妃巷、土街口一带，共约有妇女十余万口。”
普遍地对城市居民实行男女分馆，将如此众多的妇女集中到女馆之内，过着一种类似军事**的生活，究竟引起了什么样的结果呢？
太平军刚刚进入南京的时候，社会秩序还很不安定，残存在这个城市的反革命分子十分猖獗和活跃。他们有的“十百为群，往往于昏黑时，贼孤入委巷，辄袖刃尾杀之”，从事罪恶的暗杀活动；有的“密结同志，歃血为盟”，纠集和发展反革命势力，和城外的清军秘密勾结，yin谋内外配合；有的“聚处一室，暇则作骂贼之诗以纾愤”，进行反革命宣传；有的捏造清军打胜仗的消息，“奔走数十里转相告”，散布反革命谣言。在这种情况下，太平军把全体居民组织起来，悉数编入馆中，一时确实起到了一定的限制与打击反革命活动的作用。
然而，对反革命活动的限制和打击，不一定唯一通过“男女分馆”这种方式，通过别的方式或许做得更好些。由于实行“男女分馆”政策引起的广大群众对太平天国革命政权的疑惧和不满，其政治上的损失则是很难弥补的。