第一镇和第二镇在瑷珲大战中受损，从前线撤到呼兰，就地休整。同时王士珍在附近就地征兵，补充第一镇和第二镇的兵力消耗。新兵就地训练，在老兵的带领下巡逻和驻扎松花江内河各个防御堡垒。骑一团和骑二团幸存的官兵组成教练团，从最近的兆南府征召科尔沁右中旗蒙古牧民作为骑兵兵源。由于蒙古牧民天生善于骑射，幸存的骑一团和骑二团官兵经过沙场血的洗礼后有经验，二者结合后骑一团和骑二团迅速重建起来。
奉天方向，北洋陆军第三镇和第四镇进驻后，接管了奉天防务。由于俄军方面没有动作，因此他们也没有主动去攻击俄军。
北洋陆军第七镇和第八镇原本也要开赴关外的，但王辰浩担心他的京津唐工业基地遭到俄国海军陆战队袭击，为了防止俄军在京津唐沿海登陆，第七镇和第八镇以拱卫京畿安全为由按兵不动。
清俄战争似乎就这样陷入了僵持当中，俄国远东舰队炮击中国沿海城市，但因为这些沿海城市大多数都是通商口岸，各国列强在这些城市里有着特殊的利益，事实上俄国海军只是做做样子，轰了两炮吓唬一下当地的清帝国官员而已。
随后，在法国的调停下，清俄两国重启谈判。俄方不再提出割占黑龙江省了，而是要求割让辽东半岛，赔偿军费一亿两，允许俄[***]舰在各港口自由出入，允许俄舰队在华过冬。
这个条件还是非常苛刻和无理的，清帝国不接受，但俄国政斧这次有了谈判的诚意，允许清政斧花费五千万两白银赎回辽东半岛。
为了配合谈判，阿穆尔河舰队和阿富汗兵团第33师展开配合，向清军驻防的三江口方向发动了攻势。
所谓三江口，乃松花江与牡丹江会合后，在同江汇入黑龙江处，故又名混同江口。该地位于吉林省的东北角、黑龙江的东南角、沙俄阿穆尔州之南。江口有一块三角洲名为莫力洪，洲北为苏联领土，江口以南属于吉林省的同江县，江口以北属于黑龙江省的绥东县。如果溯松花江而上，沿途为富锦、桦川、汤原、依兰、方正、通河、宾县、木兰、巴彦、呼兰、哈勒金（哈尔滨），哈勒金是北洋陆军吉林省和黑龙江省两个战区的中心，也是东北的军事政治重镇，其地位之重要不言而喻。三江口距哈勒金七百二十华里，军舰往来只需要12个小时，如果三江口有失，则俄国舰队可在数曰内抵达哈勒金城下。一旦哈勒金陷落，则在黑龙江省的北洋陆军第五镇和第六镇将三面受敌，危险不言而喻。
所以，不论俄军还是北洋陆军，两军的有识之士皆认为，三江口的地位极其重要。三江口，注定要经过血的洗礼才能平静。
库尔伯特金在陆战上的失利，导致他将重心转移到海军和内河作战上面来。由于黑龙江、松花江、嫩江在夏秋季节的水量丰富，给了江面作战极大的发挥空间。清帝国受限于瑷珲条约，在江面上只有几艘小炮艇，而俄军阿穆尔河舰队则拥有大量的炮舰、炮艇、布雷舰、扫雷舰，不但数量多，而且火力猛。尤其是两艘1300吨级浅水重炮舰诺夫格罗德号（iralpopov)，搭载4门152毫米舰炮的移动堡垒，对岸防步兵和炮台工事的威胁极大。还有六艘佩伦级640吨级炮舰，以及5艘230吨级炮艇。这些炮舰虽然大多数都是六七十年代所建造，舰体有些老旧，不过俄国将其派往远东对付清帝国倒是歪打正着的非常合适。
俄军显然也意识到这一点，库罗伯特金将阿穆尔河区舰队配置于三江口外三角洲以北400米的俄国江岸，海军陆战队配置在江岸上，陆军一部则部署在纵深地区，这一切都没有刻意地隐瞒，清楚地向对面的清军方面表明了作战意图。
此时，清军方面在内河舰队上只有几艘小炮舰。江平、江安、江通、江津、江泰、江清六艘炮舰，从225吨到355吨不等，都是由内河明轮商船改造。排水量小，舰体弱（多为木壳），航速迟缓（4.5节-7.5节），武备最强的也只有2门英国维克斯47毫米炮和2挺机关枪，比起俄国阿穆尔舰队的炮舰都不如，更不用说浅水重炮舰了，根本就不是一个级别的，差距太大。
李鸿章命王士珍积极组织抵抗，争取再搓一次俄军威风，以便赢得谈判筹码，尽快结束战争。
王士珍深知这些小炮舰吓唬老百姓还可以，打起仗来根本不是俄舰队的对手，为了加强江面的火力，他又打起了改装军舰的主意。王士珍就地取材，从吉林军械局调来四门大口径江防炮，但因为各舰的吨位小，无法加装大口径江防炮（装上去就沉了）。于是他下令在一艘已经报废的商用驳船“东乙”号上安装了四门4.7英寸（120毫米）江防炮，并把“江亨”号上的员兵配备到驳船上艹炮；由于“东乙”号没有动力，又由“江安”舰拖带，成为了一个秘密的流动水炮台，并被拖往江口附近的沼泽区，隐藏在那里以便提供炮火支援，可以根据战局的需要随意拖往任何地区。隐蔽工作做得很好，官兵们忍受着沼泽地里肆虐的蚊虫，耐心等待俄军的进攻。
尽管这样，王士珍依然不认为这些江河水师营的清军有多少战力，江河作战肯定失败，只是时间的问题而已。
为了对付阿穆尔舰队，王士珍秘密的将第一镇和第二镇的两个炮团抽调至三江口以南的一大片庄稼地里隐蔽，还有吉林将军长顺的三个炮队。王士珍的目标是当阿穆尔舰队摧毁清军水师营时，突然用两个炮团和三个炮队的火力对江面俄舰实施突然袭击，这样或许可以取得效果。不过，为了达到作战目的，王士珍有秘密征调了六艘商船，准备必要时候突然冲入江心沉在航道上，阻塞航道，将阿穆尔舰队困在中间，方便地面炮火攻击。
10月12曰凌晨，阿穆尔河区舰队的舰艇驶抵松花江口，包括诺夫格罗德号、海军中将波波夫号两艘重炮舰，6艘佩伦级炮舰，5艘炮艇，以及4艘搭载海军陆战队的武装轮船。
6时12分，诺夫格罗德号首先向江岸上的清军岸防炮垒开火，其他俄舰艇也同时发动，来往江面，以全部火力轰击清军江防舰队锚泊渡口防御工事。
清军松花江水师营旗舰江平号发出迎战信号，水师营各舰起锚并还击，集中所有火力打击敌舰。清俄海军之间的首次战斗正式打响。
沙俄海军的准备异常充分，他们对于松花江水师营的军舰的战斗力十分了解，可以说到了闭着眼睛都能够分辨出来的地步。他们很快分配了火力，比起清军水师官兵来说，俄国阿穆尔舰队的官兵训练有素，士气亦十分高昂。
开战第一个五分钟，海军中将波波夫号的第一轮火力齐射就命中了松花江水师营的旗舰江平号，一发152毫米炮弹就将江平号炸成两截，当即沉没。第二轮齐射又击中江清号，迫使其被重创并退出战斗。
沙俄炮舰数量和火力均超过松花江水师营，加上俄军早就清楚清军的战力，因此战斗一开始就是一边倒的局面。
尽管这样，松花江水师营还是有一个亮点。那就是王士珍临时鼓捣出来的“东乙”号水炮台，它因为船体低小，炮弹难以命中，而临时安装的大口径炮又能对沙俄的浅水重炮舰形成很大威胁。
“东乙”号的主要目标是沙俄的旗舰诺夫格罗德号，该舰多次被击中，但由于船舷和甲板都有良好的装甲防护，未受严重损伤，只是甲板上的俄军作战人员伤亡较大。
沙俄浅水重炮舰集中攻击对其威胁最大的“东乙”号，而“东乙”号仗着矮小的个头躲过了大多数攻击，俄舰遂将炮火集中在拖曳它的“江安”号身上，该舰很快就船舷中炮，甲板碎裂，起火燃烧；不久又被击中锅炉，引起爆炸，舰体断成两截，官兵死伤惨重。
开战仅仅半小时以后，江平、江安、江通、江津、江泰、江清六舰陆续被击沉。唯一还在江面上战斗的只剩下不是军舰的“东乙”号了，它失去了拖曳船，无法机动，在沙俄浅水重炮舰的猛烈攻击下，船体被炸坏，火炮也被击毁，已经无力再战，被迫自沉，其幸存官兵跳水逃走。
当江上作战正在激烈的进行时，王士珍命停泊在上下游不远处的六艘商船向三江口靠拢。当松花江水师营全军覆没时，六艘商船分别出现在了阿穆尔舰队的前后方，立即开始自沉。
俄舰队立即意识到了不妙，但他们从一开始就过度的藐视清军，此刻想阻止却是来不及了。
与此同时，王士珍一声令下，隐藏在庄稼地里的北洋陆军两个炮团和吉林将军的三个炮队，总计一百八十三门大炮轰然开火，刹那间炮弹冰雹般的砸向江面的俄舰队。
（未完待续）